כל פעם שהגיע נער לבית הכנסת של הרב מרדכי אליהו כדי להניח תפילין בפעם הראשונה בהגיעו לגיל מצוות , ציין זאת הרב באופן חגיגי : הרב אליהו הושיב את הנער לידו , ליווה אותו בהנחת התפילין , וכאשר הוא בירך על התפילין ענה כל הקהל ” אמן ” בקול גדול . בהמשך התפילה זרקו על נער הבר מצווה סוכריות , שרו לכבודו, ולא אמרו את תפילת ” תחנון ” , שאינה נאמרת בימי שמחה . השמועה על מנהגו של הרב אליהו עשתה לה כנפיים , ונערי בר מצווה רבים נהגו להגיע להתפלל בבית הכנסת של הרב אליהו ביום חגם .
ברגע של שמחה סיפר הרב אליהו מה הביא אותו לנהוג כך :
” אנשים אינם יודעים זאת , אבל ביום בר המצווה שלי החלטתי להיות רב בישראל . וכבר אז ידעתי מה תהיה הפסיקה הראשונה שלי . בגיל צעיר התייתמתי מאבי , וביום הבר מצווה שלי הגעתי לבית הכנסת לבדי ; המתפללים לא קיבלו את פני בסבר פנים יפות , והגבאי התעלם ממני . איש לא זרק עליי סוכריות , וכאשר הגענו לאמירת ‘ תחנון ‘ סירבו המתפללים לוותר על אמירת ‘ תחנון ‘ , בטענה ששמחת בר המצווה שלי אינה חשובה מספיק כדי לבטל זאת . מאוכזב ועצוב פסעתי הביתה , וחשבתי על אימי שחסכה פרוטה לפרוטה כדי לרכוש לי זוג תפילין .
אך קודם שנכנסתי הביתה , החלטתי שאיני רוצה להעציב את אימי , ואז גמלה בליבי החלטה: אלמד ואהיה רב גדול בתורה , ואדאג לכך שכל נער המגיע לבית הכנסת להניח תפילין בפעם הראשונה לחייו – יזכה לקבלת פנים חמה ושמחה , וכמובן שלא יאמרו באותה התפילה ‘ תחנון ‘ . “
חתם הרב אליהו את דבריו : ” בכל פעם שאני פוגש נער בר מצווה, אני מבקש לתקן עוד קצת את חסרון ‘השמחה בבר המצווה שלי ‘ . “
ועוד סיפור שמראה את גדולתו של הרב מרדכי אליהו זצוק”ל
כמו בכל שנה , ההתרגשות בבית הכנסת בשבת פרשת יתרו , שבה נקרא סיפור מתן תורה , הייתה גדולה . בבית הכנסת של הראשון לציון הרב מרדכי אליהו נהגו להעלות אותו לתורה בכל שנה לעלייה החשובה של ” עשרת הדברות ” .
אך במהלך התפילה ניגש הגבאי אל הרב מרדכי אליהו בדאגה : ” שלושה אנשים פנו אליי בבקשה לעלות לתורה בעליית ‘ מפטיר ‘ , משום שיש להם אזכרה לקרוב משפחה שנפטר . מה אעשה ? “
הרב אליהו השיב בנחת ” יהיה בסדר , אל תדאג . “
רגע לפני שהחלה הקריאה בתורה ניגש שוב הגבאי אל הרב אליהו ושאל אותו כיצד לנהוג , ושוב הרגיע אותו הרב . המצב החמיר כאשר במהלך הקריאה ניגשו שלושת המבקשים אל הגבאי כדי לוודא שהם יעלו לתורה בעלייה הנכספת , והגבאי אובד העצות לא ידע מה לעשות .
אך במהרה נפתרה הבעיה . רגע לפני שהגבאי העלה את הרב מרדכי אליהו לקריאת ” עשרת הדברות ” , קפץ הרב אליהו ממקומו והזמין את הגבאי עצמו לעלות לעלייה החשובה. למשמע הרחש שעבר בקהל קם הרב מרדכי אליהו והכריז בקול גדול ” יעלה בכבוד הגבאי הנאמן , נעים זמירות ישראל . ” הרב התיישב על מקומו , והגבאי נאלץ לעלות לתורה בעליית ” עשרת הדברות ” במקום הרב .
לאחר מכן , כשהגיעה עליית ” מפטיר ” קם הרב אליהו מכיסאו ושאל : ” יש כאן שלושה אנשים החפצים לעלות לתורה בעליית ‘ מפטיר ‘ . האם מישהו מהם מוכן לכבד את חברו בעלייה ? ” מובן שכל השלושה נענו לקריאתו של הרב , וכך נפתרה הבעיה .